Negeri 5 menara bercerita tentang Alif Fikri, seorang anak laki-laki yang baru lulus SMP dan dilarang Amaknya (Ibunya) masuk ke SMA. Amaknya meminta Alif melanjutkan ke sekolah berbasis agama di kotanya. Alif merasa kecewa atas keputusan Amaknya tersebut karena dia ingin masuk sekolah negeri unggulan lalu melanjutkan kuliah ke ITB sesuai cita-citanya.
Untungnya beberapa hari kemudian datang surat dari saudaranya yang menyarankan untuk masuk ke Pondok Madani yang terletak di Jawa Timur. Menurut cerita saudaranya, banyak lulusan dari pondok tersebut yang berhasil sekolah hingga ke luar negeri. Alif pun merasa pilihan ini jauh lebih baik daripada saran Amaknya sebelumnya. Setidaknya dia masih mematuhi perintah Amak untuk tetap belajar agama.
Singkat cerita, akhirnya berangkatlah Alif merantau ke Pulau Jawa dengan diantarkan oleh Ayahnya. Mereka menempuh perjalanan darat selama beberapa hari. Sampai akhirnya sampailah di Kota Ponorogo tempat Pondok Madani berada. Disanalah babak baru kehidupan Alif tinggal di pondok pesantren modern dimulai.
