Secara garis besar Novel Yang Telah Lama Pergi bercerita tentang perjalanan seorang kartografer bernama Al Mas'ud Al Baghdadi yang berasal dari Baghdad. Dia memutuskan untuk melakukan perjalanan setelah memikirkan wasiat sang ayah agar Mas'ud dapat menyelesaikan peta Pulau Swarnadwipa.
You know-lah…sama seperti darat dan udara, perjalanan jalur laut pun tak kalah berbahaya. Selain beradu dengan cuaca yang bisa berubah kapan saja, Mas'ud pun dapat bertemu dengan berbagai kelompok perompak yang terkenal bengis. Sayangnya, kini mara bahaya tidak lagi menggetarkan tekad Mas'ud. Dia memilih untuk segera melanjutkan perjalanannya ke Pulau Swarnadwipa (kini Palembang, Sumatera).
48 jam berselang, tepat di Selat Malaka kapal yang ditumpangi Mas'ud disergap oleh perompak. Mereka menguras lambung kapal begitu juga dengan barang bawaan Mas'ud. Dia yang tidak ingin kehilangan barang yang berisi peralatan membuat peta kapal memutuskan untuk menyusup ke perompak.
Tak berselang lama, aksi gilanya ini diketahui dan tak lama dia diamuk massa bahkan hampir ditebas hidup-hidup karena dianggap mata-mata oleh para perompak. Namun beruntung ada Biksu Tsing yang membantunya, dia biksu yang pernah bertemu Mas'ud semasa kecil saat berpetualang dengan sang ayah. Biksu Tsing menjelaskan dengan tenang dan bijak, sehingga Mas'ud lolos dari kesalahan pemahaman para perompak.
Dalam perjalanan menuju pulau itu ternyata tidak mudah, selain perompak musuh laut adalah cuaca. Beruntung di kapal itu ada Mas'ud yang dapat membaca situasi alam, sehingga mereka selamat dari badai dan cuaca buruk.
Berkat bantuannya tersebut, raja perompak mengundang Mas'ud ke ruangannya. Bahkan, dia bermusuhan dengan para hulubalang perompak. Dia dijamu bak tamu istimewa, sehingga para perompak di kapal begitu menyeganinya. Tidak hanya itu, selama perjalanan Mas'ud dijadikan penasehat pun ahli strategi perang karena kemampuannya dalam bidang astronomi.
Eh, enggak salah, memangnya ada perang?
Yups, sebab pada dasarnya tujuan rombongan kapal perompak ke Pulau Swarnadwipa untuk melayangkan aksi balas dendam terhadap pemerintahan Kerajaan Sriwijaya yang pernah menghancurkan keharmonisan keluarga Remasut Sang Raja Perompak.
Lalu dapatkah rombongan perompak dan Mas'ud sampai tujuan?
